《黑客帝國1》還比較容易看懂，《黑客帝國2》《黑客帝國3》就很深奧了。造物主（Architect）負責維持母體的平衡，先知則負責引導母體中的人們覺醒。兩個人的共同作用下，母體中的人類社會穩定進化，機器人也從中吸取經驗。這也是機器人“種植”人類的終極目的，並不僅僅是用人類發電，更是為了學習人類，從而實現進化。錫安之所以存在，也是機器人故意讓它存在。機器人無法避免母體出現bug（也就是有人覺醒），所以就等他們覺醒、等他們組建反抗軍。機器人每隔壹段時間就來壹次大清洗，把反抗軍殲滅，然後再把母體重啟。這種大清洗已經進行過5次了，這是第6次了。前5次的結局都是反抗軍全軍覆沒，母體重啟，而尼奧的出現讓世界首次出現了不同的結局——和平。人類和機器人互利共生，共同進化。但是這種和平又能維持多久呢？